厦门大学健康医疗大数据研究院
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信息学院俞容山教授指导团队斩获DREAM Challenge Tumor Deconvolution比赛两项第一
2020-11-12 返回列表

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近日,国际计算生物医学领域最具影响力之一的算法挑战赛——DREAM Challenge的Tumor Deconvolution赛事结束,该赛事吸引了众多来自全世界顶级高校及公司研究团队,包括美国哈佛大学医学院、密歇根州立大学、印第安纳大学、德国弗兰科夫细胞与免疫研究所(Fraunhofer IZI)、意大利Biogem Institute、贝斯以色列女执事医疗中心、瑞士洛桑大学、剑桥大学英国国家肿瘤中心等。来自厦门大学信息学院、厦门大学健康医疗大数据国家研究院、厦门极元科技公司和厦门艾德生物联合组成的Aginome-XMU团队从全球的41支参赛队伍中脱颖而出,获得了全部挑战项目的第一名。

Aginome-XMU团队由信息学院俞容山教授,厦门极元科技杨文娴指导,主要成员包括信息学院硕士研究生李豪钧、林雅婷,主要负责算法开发与实验,厦门大学健康医疗大数据国家研究院科研博士生肖旭负责单细胞RNA-seq数据注释和结果统计分析。团队成员主要从事计算机与生物的交叉学科——计算生物学方向的研究。在此次比赛中,Aginome-XMU团队利用计算机混合模拟异质样本的表达谱,搭建人工智能模型实现表达谱到细胞丰度的映射,最终提供免疫微环境中8至14种粗类到细类的免疫和基质细胞的丰度估计。最终,团队提交的细胞丰度估计模型取得了优于所有其他团队提交的模型的性能,勇夺第一。

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https://www.synapse.org/#!Synapse:syn15589870/wiki/606797

DREAM Challenge是生物医药领域最具影响力的开放数据建模旗舰竞赛,旨在通过算法解决当前热点的生物学问题。该赛事根据当下热点的研究问题发起挑战项目,由组织方提供测试数据,并设计不同的任务主题供参赛者进行建模预测,根据预测结果决定优胜者。其第三方验证的特性保证了算法的可重复性,使得算法能得到最有效的验证,从而在推动在该研究领域的进展。目前该赛事已经完成了50多项挑战,产生了近百个出版物。 

Tumor Deconvolution这项挑战的目的是评估通过计算方法将反映细胞类型混合的异质样本表达数据分解为单个免疫细胞成分的能力。该赛事由法国居里研究所 (Institut Curie)、法国国家癌症防治联盟 (Ligue Nationale contre le Cancer)、俄勒冈健康与科学大学(Oregon Health and Science University)、美国赛智生物网络研究所 (Sage Bionetworks) 与美国斯坦福大学共同主办。其两个子挑战分别为估计8种粗类的细胞类型和14种细类的细胞类型的丰度。 

该研究能够掌握肿瘤微环境的免疫细胞丰度变化,为免疫应答及免疫治疗提供精确的辅助参考,从而让医生能够快速的掌握病人肿瘤病变位置的免疫细胞成分变化,为治疗与用药提供数据支持。

除了 DREAM Challenge, 俞容山教授团队还参加了 Precision FDA Brain Cancer Predictive Modeling and Biomarker Discovery Challenge 比赛,并获得第四名的好成绩。