姓名：黄佳良

性别：男

所在单位：厦门大学生命科学学院

所在专业：生物信息学

职称/职务：教授

联系方式： jhuang@xmu.edu.cn

实验室主页：https://huanglab.xmu.edu.cn/

教育背景

2001-2005，福州大学，生物工程，学士

2005-2008，福州大学，计算机软件与理论，硕士

2008-2012，中国科学院遗传与发育生物学研究所，生物信息学，博士

工作经历

2011-2013，葛兰素史克上海医药研发有限公司，科学家

2013-2018，哈佛大学Dana-Farber癌症研究所/波士顿儿童医院，博士后

2018年-至今，厦门大学生命科学学院，闽江学者特聘教授

研究方向

人类基因组中仅约2%的序列编码蛋白质，其余非编码区域（尤其是增强子等调控元件）富含疾病相关突变，但其功能机制仍存在大量未知。本课题组利用人工智能、单细胞多组学和基因编辑等前沿交叉学科技术，系统解析增强子在发育和疾病（特别是血液肿瘤）中的作用和机制。主要包括：（1）干实验：开发生物信息学算法，整合多组学数据，构建增强子研究的方法学体系；（2）湿实验：结合单细胞多组学和CRISPR高通量筛选等平台，揭示增强子对基因表达的调控机制；（3）临床合作：与临床团队紧密合作，利用“大数据+AI”探索临床实践中的科学问题（血液肿瘤的诊断、治疗、预后和病因）。

科研项目

1. 国家自然科学基金，重大研究计划培育项目，急性髓系白血病耐药和复发的免疫微环境演变规律和机制研究，2025-01至 2027-12，主持

2. 国家自然科学基金，面上项目，基于单细胞多组学探索增强子网络在发育和疾病中的作用和机制，2024-01 至 2027-12，主持

3. 国家自然科学基金，面上项目，哺乳动物发育过程中基因表达对增强子依赖性的系统评估，2021-01 至 2024-12，主持

4. 国家自然科学基金，面上项目，整合多组学数据解析增强子之间的层次结构，2019-01 至 2022-12，主持

5. 福建省自然科学基金，面上项目，血液肿瘤重要增强子调控元件的系统鉴定，2020-11 至 2023-11，主持

6. 厦门大学，校长基金，基于单细胞多组学探索增强子网络在发育和疾病中的作用和机制，2023-2025，主持

7. 厦门大学高层次人才科研启动费， 2018-2023，主持

代表性论文

1. D. Hong#, M. Shu#, J. Liu#, L. Liu, H. Cheng, M. Zhu, Y. Du, B. Xu, D. Hu, Z. Liu, Y. Zhao, J. Dai*, F. Lu*, J. Huang*. Divergent combinations of enhancers encode spatial gene expression. Nature Communications, 2025.

2. M. Zhu#, J. Zhu#, Z. Zhu#, Y. Yang, J. Dai, H. Li, N. Li*, J. Huang*. Discovery of Candidate Functional Non-Coding Mutations in Acute Myeloid Leukemia Using Single-Cell Chromatin Accessibility Sequencing. Communications biology, 2025.

3. H. Lin#, X. Ye, W. Chen, D. Hong, L. Liu, F. Chen, N. Sun, K. Ye, J. Hong, Y. Zhang, F. Lu, L. Li, J. Huang*. Modular organization of enhancer network provides transcriptional robustness in mammalian development. Nucleic Acids Research, 2025.

4. S. Luo#, M. Zhu#*, L. Lin#, J. Xie, J. Zhu, S. Lin, Y. Chen, J. Huang*. DECA: harnessing interpretable transformer model for cellular deconvolution of chromatin accessibility profile. Briefings in Bioinformatics, 2025.

5. Z. Zhang#, R. Tang#, M. Zhu#, Z. Zhu, J. Zhu, H. Li, M. Tong*, N. Li*, J. Huang*. Deciphering cell states and the cellular ecosystem to improve risk stratification in acute myeloid leukemia. Briefings in Bioinformatics, 2025.

6. C. Wu, J. Huang*. Enhancer selectivity across cell types delineates three functionally distinct enhancer-promoter regulation patterns. BMC Genomics, 2024.

7. M. Tong #,*, S. Luo#, L. Gu#, X. Wang, Z. Zhang, C. Liang, H. Huang, Y. Lin, J. Huang*. SIMarker: Cellular similarity detection and its application to diagnosis and prognosis of liver cancer. Computers in Biology and Medicine, 2024.

8. M. Tong#*, Y. Lin#, W. Yang, J. Song, Z. Zhang, J. Xie, J. Tian, S. Luo, C. Liang, J. Huang*, R. Yu*. Prioritizing prognostic-associated subpopulations and individualized recurrence risk signatures from single-cell transcriptomes of colorectal cancer. Briefings in Bioinformatics, 2023.

9. D. Hong#, H. Lin#, L. Liu, M. Shu, J. Dai, F. Lu, M. Tong, J. Huang*. Complexity of enhancer networks predicts cell identity and disease genes revealed by single-cell multi-omics analysis. Briefings in Bioinformatics, 2023.

10. M. Shu#, D. Hong#, H. Lin, J. Zhang, Z. Luo, Y. Du, Z. Sun, M. Yin, Y. Yin, L. Liu, S. Bao, Z. Liu, F. Lu*, J. Huang*, J. Dai*. Single-cell chromatin accessibility identifies enhancer networks driving gene expression during spinal cord development. Developmental Cell, 2022.

11. Z. Wang#, T. Wang#, D. Hong#, B. Dong#, Y. Wang, H. Huang, W. Zhang, B. Lian, B. Ji, H. Shi, M. Qu, X. Gao, D. Li, C. Collins, G. Wei, C. Xu*, H. J. Lee*, J. Huang*, J. Li*. Single-cell transcriptional regulation and genetic evolution of neuroendocrine prostate cancer. iScience, 2022.

12. Y. Kai#, B. E. Li#, M. Zhu#, G. Y. Li, F. Chen, Y. Han, H. J. Cha, S. H. Orkin, W. Cai*, J. Huang*, G.-C. Yuan*. Mapping the evolving landscape of super-enhancers during cell differentiation. Genome Biology, 2021.

13. W. Cai#, J. Huang#, Q. Zhu, B. Li, D. Seruggia, P. Zhou, M. Nguyen, Y. Fujiwara, H. Xie, Z. Yang, D. Hong, P. Ren, J. Xu, W. Pu, G.-C. Yuan* and S. H. Orkin*. Enhancer-dependence of cell-type-specific gene expression increases with developmental age. PNAS, 2020; 117: 35.

14. J. Huang#, K. Li#, W. Cai, X. Liu, Y. Zhang, S. H. Orkin, J. Xu*, G.-C. Yuan*. Dissecting super-enhancer hierarchy based on chromatin interactions. Nature Communications, 2018; 9:943.

15. J. Huang#, X. Liu#, D. Li#, Z. Shao#, H. Cao, Y. Zhang, E. Trompouki, T. V. Bowman, L. I. Zon, G.-C. Yuan, S. H. Orkin*, J. Xu*. Dynamic control of enhancer repertoires drives lineage and stage-specific transcription during hematopoiesis. Developmental Cell, 2016; 36, 9-23.

16. J. Huang, E. Marco, L. Pinello, G.-C. Yuan*. Predicting chromatin organization using histone marks. Genome Biology, 2015; 16, 162.