姓名：黄佳良
性别：男
所在单位：厦门大学生命科学学院
所在专业：生物信息学
职称/职务：教授
联系方式： jhuang@xmu.edu.cn
实验室主页：https://huanglab.xmu.edu.cn/
教育背景
2001-2005，福州大学，生物工程，学士
2005-2008，福州大学，计算机软件与理论，硕士
2008-2012，中国科学院遗传与发育生物学研究所，生物信息学，博士
工作经历
2011-2013，葛兰素史克上海医药研发有限公司，科学家
2013-2018，哈佛大学Dana-Farber癌症研究所/波士顿儿童医院，博士后
2018年-至今，厦门大学生命科学学院，闽江学者特聘教授
研究方向
本课题组利用生物信息学、单细胞多组学和基因编辑等前沿交叉技术，研究非编码DNA调控元件在哺乳动物发育和肿瘤中的作用及机制。具体研究方向包括（1）设计生物信息学算法，解决生物组学数据分析的定量问题；（2）整合表观多组学数据，解析影响细胞命运决定的增强子调控网络；（3）与临床医生/生物学家合作，探索肿瘤细胞异质性及潜在药物靶标。
获奖情况
福建省“闽江学者”奖励计划（特聘教授）（2017）
科研项目
1. 国家自然科学基金，面上项目，哺乳动物发育过程中基因表达对增强子依赖性的系统评估，2021-01 至 2024-12，主持
2. 国家自然科学基金，面上项目，整合多组学数据解析增强子之间的层次结构，2019-01 至 2022-12，主持
3. 厦门大学高层次人才科研启动费，2018-2023，主持
4. 福建省自然科学基金，面上项目，血液肿瘤重要增强子调控元件的系统鉴定，2020-11 至 2023-11，主持
代表性论文
1. D. Hong#, H. Lin#, L. Liu, M. Shu, J. Dai, F. Lu, M. Tong, J. Huang*. Complexity of enhancer networks predicts cell identity and disease genes revealed by single-cell multi-omics analysis. Briefings in Bioinformatics, 2023.
2. M. Shu#, D. Hong#, H. Lin, J. Zhang, Z. Luo, Y. Du, Z. Sun, M. Yin, Y. Yin, L. Liu, S. Bao, Z. Liu, F. Lu*, J. Huang*, J. Dai*. Single-cell chromatin accessibility reveals enhancer networks driving gene expression during spinal cord development. Developmental Cell, 2022.
3. Z. Wang#, T. Wang#, D. Hong#, B. Dong#, Y. Wang, H. Huang, W. Zhang, B. Lian, B. Ji, H. Shi, M. Qu, X. Gao, D. Li, C. Collins, G. Wei, C. Xu*, H. J. Lee*, J. Huang*, J. Li*. Single-cell transcriptional regulation and genetic evolution of neuroendocrine prostate cancer. iScience, 2022.
4. Y. Kai#, B. E. Li#, M. Zhu#, G. Y. Li, F. Chen, Y. Han, H. J. Cha, S. H. Orkin, W. Cai*, J. Huang*, G.-C. Yuan*. Mapping the evolving landscape of super-enhancers during cell differentiation. Genome Biology, 2021.
5. W. Cai#, J. Huang#, Q. Zhu, B. Li, D. Seruggia, P. Zhou, M. Nguyen, Y. Fujiwara, H. Xie, Z. Yang, D. Hong, P. Ren, J. Xu, W. Pu, G.-C. Yuan* and S. H. Orkin*. Enhancer-dependence of cell-type-specific gene expression increases with developmental age. PNAS, 2020.
6. J. Huang#, K. Li#, W. Cai, X. Liu, Y. Zhang, S. H. Orkin, J. Xu*, G.-C. Yuan*. Dissecting super-enhancer hierarchy based on chromatin interactions. Nature Communications, 2018.
7. E. Marco#, W. Meuleman#, J. Huang#, K. Glass, L. Pinello, J. Wang, M. Kellis*, G.-C. Yuan*. Multi-scale chromatin state annotation using a hierarchical hidden Markov model. Nature Communications, 2017.
8. J. Huang#, X. Liu#, D. Li#, Z. Shao#, H. Cao, Y. Zhang, E. Trompouki, T. V. Bowman, L. I. Zon, G.-C. Yuan, S. H. Orkin*, J. Xu*. Dynamic control of enhancer repertoires drives lineage and stage-specific transcription during hematopoiesis. Developmental Cell, 2016.
9. J. Huang, E. Marco, L. Pinello, G.-C. Yuan*. Predicting chromatin organization using histone marks. Genome Biology, 2015.
10. J. Huang, C. Niu, C. D.Green, L. Yang, H. Mei*, J.-D. J. Han*. Systematic prediction of pharmacodynamic drug-drug interactions through protein-protein-interaction network. PLoS Computational Biology, 2013.
11. J. Huang, Y. Liu, W. Zhang, H. Yu and J.-D. J. Han*. eResponseNet: a package prioritizing candidate disease genes through cellular pathways. Bioinformatics, 2011.
