厦门大学健康医疗大数据国家研究院副院长周达教授团队，与中国科学院深圳先进技术研究院胡政团队合作的“新方法实现单细胞命运轨迹的精确预测——PhyloVelo”入选2023年度“中国生物信息学十大进展”。

【成果介绍】

细胞命运决定是生命的奥秘之一，揭示其规律和机制对于理解发育和疾病具有重要意义。然而，如何利用静态单细胞组学数据预测动态命运决定过程是生物信息学领域的一项重大挑战。中国科学院深圳先进技术研究院胡政和厦门大学周达团队合作提出了一项基于单调表达基因的轨迹推断新算法框架，命名为PhyloVelo。该方法通过整合谱系示踪和单细胞转录组数据，利用单调表达基因构建一个新颖的细胞分化时钟模型，能准确预测细胞过往状态和分化轨迹。相比传统方法，PhyloVelo在推断准确性和稳定性方面都有明显提升，为发育和疾病研究提供了有力的计算分析工具。

该成果发表于Nature Biotechnology

推荐理由：基于谱系示踪信息精确计算RNA速率的新方法

图：基于单调表达基因的细胞分化轨迹推断新框架（PhyloVelo）

在线使用文档

https://phylovelo.readthedocs.io/en/latest/index.html

原文信息

Wang K, Hou L, Wang X, Zhai X, Lu Z, Zi Z, et al. PhyloVelo enhances transcriptomic velocity field mapping using monotonically expressed genes. Nature Biotechnology 2023. https://doi.org/10.1038/s41587-023-01887-5. PMID: 37524958.

原文链接

https://www.nature.com/articles/s41587-023-01887-5

长按阅读原文

【About GPB】

Genomics, Proteomics & Bioinformatics（基因组蛋白质组与生物信息学报，简称GPB）于2003年创刊，是由中国科学院主管、中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）与中国遗传学会共同主办的英文学术期刊，由牛津大学出版社金色开放获取（Gold Open Access）出版。刊载来自世界范围内组学、生物信息学及相关领域的优质稿件。现为中国科学引文数据库（CSCD）和中国科技论文与引文数据库（CSTPCD）核心期刊，被SCIE、PubMed/MEDLINE、Scopus等数据库收录。2023年公布的官方数据显示，CiteScore为11.7；2年和5年Impact Factor分别为9.5和10.1，分别排名WoS遗传学领域12/171和13/171；2022 JCI为2.08，排名WoS遗传学领域10/189。期刊由科技部等七部门联合实施的“中国科技期刊卓越行动计划“资助（2019–2023）。

为推动我国生物信息学的学科发展和创新研究，充分展示和宣传我国生物信息学领域的重大研究成果，GPB组织评选了2018年度、2019年度、2020年度、2021年度和2022年度“中国生物信息学十大进展”。在此基础上，GPB继续组织2023年度评选活动，经过100余名国内外生物信息学领域教授/研究员推荐，初选、复选投票，以及复核程序，评选出2023年度“中国生物信息学十大进展”评选结果。