厦门大学健康医疗大数据研究院
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俞容山教授团队在计算生物领域国际比赛连续两次获得优异成绩
2021-04-13 返回列表

 

近期,厦门大学信息学院俞容山教授团队在计算生物领域国际比赛DREAM Challenge和 precisionFDA 获得优异成绩。

DREAM Challenge


 

DREAM Challenge(国际计算生物医学领域最具影响力之一的算法挑战赛)举办的Anti-PD1 Response Prediction赛事由美国百时美施贵宝公司(生物制药企业,Bristol Myers Squibb)与赛智生物网络研究所(Sage Bionetworks)共同主办。该赛事吸引了众多来自全球顶级高校及公司研究团队,共有44支队伍参赛,包括美国斯坦福大学、密歇根大学、哈佛大学Dana-Farber Cancer Institute、剑桥大学医学研究中心癌症组、欧洲生物信息研究所(EMBL-EBI)、芬兰赫尔辛基大学等。来自厦门大学信息学院、厦门大学健康医疗大数据国家研究院、厦门极元科技公司和厦门艾德生物联合组成的Aginome-Amoy团队获得了该赛事的子挑战项目三免疫治疗最佳药物响应应答预测的第二名。

Aginome-Amoy团队由信息学院俞容山教授,厦门极元科技杨文娴指导,主要成员为厦门大学健康医疗大数据国家研究院科研博士生以及艾德生物奖学金获得者肖旭以及厦门极元科技研发人员许灿强。在此次比赛中,Aginome-Amoy团队利用肿瘤突变负荷TMB和PD-L1表达水平,构建肺癌肿瘤免疫应答预测模型。最终,团队提交的模型在预测最佳药物响应子挑战上取得优异成绩。

Anti-PD1 Response Prediction这项挑战的目的是构建一个具有前瞻性的,预测非小细胞肺癌病人对于Anti-PD1药物(Nivolumab)疗效的模型。其三个子挑战分别为预测无进展生存(PFS),预测总生存期(OS),预测最佳药物响应。该研究通过结合肿瘤转录组、肿瘤突变负荷以及临床信息等多维数据,为免疫治疗应答及临床获益提供辅助参考,为肿瘤治疗与用药提供数据支持。

本次竞赛的优异成绩离不开老师们的悉心指导,最大的难点在于没有提 供训练样本,团队成员需要借助前期的医学背景以及肿瘤免疫相关项目的经验积累,最终脱颖而出。

获奖结果公示:https://www.synapse.org/#!Synapse:syn18404605/wiki/607424


precisionFDA

 

美国食品药品监督局FDA通过在线平台precisionFDA (https://precision.fda.gov)举办的COVID-19 Precision Immunology App-a-thon赛事顺利结束,该比赛吸引了4个团队的7个作品。来自厦门大学信息学院、厦门大学健康医疗大数据国家研究院和厦门极元科技公司的厦大-极元科技联队获得了该赛事一金两银一铜的成绩。

厦大-极元科技联队由信息学院俞容山教授指导,主要成员为厦门大学俞容山课题组硕士生常雨晴、李豪、工程师王顺和博士生刘亚琛、以及极元科技杨文娴博士。此次比赛中,团队利用COVID-19(新型冠状病毒病2019)患者的TCR-β序列数据和CMV TCR-beta测序数据,保留不同TCR的分子特性,将其映射到低维空间,并设计了用户友好的交互式工具(TCR Map),方便用户对数据进行分析。最终,TCR Map在多个评估方向获得了优异的成绩,且在软件易用性方面取得金牌。并在最终比赛结果中排获奖作品推荐首位。

COVID-19 Precision Immunology App-a-thon赛事的目的是呼吁数据科学和免疫学界开发创新型应用,以探索个性化免疫功能与COVID-19疾病特征之间的关系。项目的评估方向包括影响力、创新性、互通性、整体设计、文件资料、易用性6个方面。该赛事通过开发研究工具对现有数据进行分析,有可能加速对COVID-19病理生理学的理解,从而满足精确免疫学领域的关键需求。

本次比赛的优秀成绩离不开老师们精心的指导和同学们的通力合作,团队成员将相关医学背景知识和数据科学结合起来,针对数据量大、计算效率低等难题提出解决方案,并在后续工作中开发出可视化工具,最终获得取得优异成绩。

获奖结果公示 https://precision.fda.gov/challenges/12/view/results

祝贺他们喜获佳绩,也祝福他们及厦门大学健康医疗大数据研究院和信息学院的所有团队在今后的科研道路上能获得更多成果与突破!